Molti esperti sono convinti che gli isoflavoni siano ininfluenti e che i prodotti di soia siano ipocolesterolemizzanti indipendentemente dal contenuto in isoflavoni.

Questo è un punto importante, in quanto significa che i processi produttivi degli alimenti di soia che tendono a ridurre il contenuto in isoflavoni, non interferiscono sulle proprietà ipocolesterolemizzanti della soia. Ciò è suffragato dai numerosi studi condotti con la soia che dimostrano la sua capacità di ridurre il colesterolo nel sangue.

Potenzialmente, un punto ancora più importante è che gli isoflavoni potrebbero ridurre il rischio di malattia cardiovascolare indipendentemente dagli effetti sui livelli di colesterolo. In effetti, si ritiene che la somministrazione di estrogeni riduca il rischio di malattia cardiovascolare, ma solo il 25-50% di questa riduzione sarebbe da ricondursi all'azione degli estrogeni sulle lipoproteine.
A tal proposito, lavori preliminari suggeriscono che i fitoestrogeni della soia possiedano alcune delle proprietà degli estrogeni in relazione con la malattia cardiovascolare.

Per esempio, si è visto che 80 mg di isoflavoni migliorano la "compliance" arteriosa - una misura della elasticità arteriosa (e una bassa "compliance" arteriosa è un fattore di rischio indipendente per la malattia cardiovascolare).

Altri lavori suggeriscono che gli isoflavoni possano inibire l'ossidazione dell'LDL-colesterolo e ridurre la proliferazione di cellule muscolari lisce.

Cosi è possibile che gli alimenti di soia, anche in individui senza valori elevati di colesterolemia, abbiano un effetto benefico nel ridurre il rischio cardiovascolare.

L'azione estrogenica degli isoflavoni, combinata con le similitudini fra la loro struttura e quello dell'isoflavone sintetico, ipriflavone, un farmaco antiosteoporosi che rallenta la perdita ossea nelle donne in peri- e post-menopausa, induce a ipotizzare che questi costituenti dei semi di soia potrebbero esercitare un'azione benefica per la salute delle ossa.

La bassa incidenza di fratture dell'anca nei paesi asiatici viene spesso citata come supporto epidemiologico a favore delle proprietà degli isoflavoni.

Inoltre, numerosi studi a breve termine, in donne in peri- e postmenopausa, mostrano che il consumo di soia influisce positivamente sul contenuto in sali minerali delle ossa (BMD) in particolare a livello di colonna vertebrale. Questi studi indicano gli isoflavoni quali componenti attivi della soia in quanto i prodotti di soia con scarse quantità di isoflavoni non risultano efficaci.

Gli isoflavoni sono noti agli scienziati da più di 50 anni, ma fino a poco fa la documentazione scientifica su questi fitochimici si limitava ad una manciata di saggi.

Negli ultimi anni, invece, sulle riviste scientifiche sono comparsi, ogni anno, più di 300 articoli sugli isoflavoni. Parecchi fattori hanno dato origine a questo interesse nell'ambito della ricerca, ma il più importante è, senza dubbio, la decisione del National Cancer Institute, maturata nel 1990, di stanziare circa 3 milioni di dollari per finanziare gli studi sulle proprietà anticancro degli isoflavoni. Con il crescere dell'interesse per le proprietà biologiche e per i potenziali effetti anticancro degli isoflavoni, i ricercatori iniziarono a speculare sui possibili effetti benefici degli isoflavoni in altre aree.

I semi di soia contengono due isoflavoni primari, chiamati genisteina e daidzeina e un isoflavone minore, chiamato gliciteina. I semi integrali e gli alimenti di soia non fermentati contengono gli isoflavoni primari nella forma "glicoside", il che significa che sono associati ad una molecola di zucchero.

Al contrario, alimenti di soia fermentati (come il miso, condimento derivato dai semi della soia gialla) contengono per lo più "agliconi", ovverossia isoflavoni senza zucchero.

Gli isoflavoni hanno, in natura, una distribuzione molto limitata. I fagioli e gli alimenti di soia ne contengono circa 100 mg/g e gli alimenti di soia tradizionali forniscono circa 30 mg di isoflavoni per porzione.

Gli isoflavoni sono spesso definiti "fitoestrogeni", ossia estrogeni vegetali, in quanto la loro struttura è simile a quella dell'ormone sessuale femminile estrogeno, si legano ai recettori degli estrogeni ed esplicano un'attività estrogenica in alcuni tessuti. In ogni caso, la loro attività è estremamente debole, pari a 1/1000 - 1/10000 di quella degli estrogeni.

Il fatto significativo, però, è che, nelle persone che consumano alimenti di soia, i livelli ematici di isoflavoni possono essere 10.000 volte maggiori di quelli degli estrogeni. Così, a dispetto della loro relativa debolezza, gli isoflavoni hanno dimostrato di possedere effetti fisiologici "in vivo" e si ritiene siano in grado di esplicare effetti sia estrogenici sia antiestrogenici. In teoria, l'effetto dipende dall'ambiente ormonale e dal tessuto in questione. Grazie alla loro proprietà agonista/antagonista, si guarda agli isoflavoni come a dei modulatori selettivi dei recettori degli estrogeni (SERMS) alla stregua del tamoxifene, farmaco anticancro, e del raloxifene, nuovo farmaco antiosteoporosi. In ogni caso, alcuni dei più importanti benefici degli isoflavoni vanno oltre le loro deboli proprietà estrogeniche.