La microflora intestinale è un complesso ecosistema nel quale molte specie batteriche vivono in una relazione simbiotica ed è costituito da un "insieme di microrganismi presenti nel lume intestinale, i quali, se convivono in un determinato equilibrio, contribuiscono allo stato di salute dell'ospite".
    Il termine microbo o microrganismo si riferisce alla loro dimensione, dell'ordine dei millesimi di millimetro (micron) o inferiore. Sono anche chiamati batteri, fermenti o microflora.
    Il corpo umano è costituito da circa 10.000 miliardi di cellule e ospita una popolazione batterica di circa 100.000 miliardi di cellule, in rapporto di 1:10. Attualmente sono stati identificati circa 400 specie di batteri della microflora intestinale e, di questi, circa 30 specie sono pressoché sempre presenti in ciascun singolo individuo. In particolare, i bifidobatteri rappresentano il 90% della flora intestinale dei neonati; percentuale che si riduce attorno al 50% negli individui adulti. Specie e ceppi autoctoni di batteri vengono selezionate da ciascun individuo, secondo le proprie abitudini alimentari e la propria fisiologia.
    Alcuni batteri sono benefici, altri ancora si comportano in modo benefico, ma dopo una mutazione possono divenire dannosi liberando tossine e ciò a seconda delle circostanze. La maggior parte dei microrganismi che coabitano con l'uomo si trova nel tratto gastrointestinale (apparato digerente).
    La loro distribuzione varia grandemente lungo la superficie di circa 350 m2 in cui si svolge la digestione dei cibi, grazie a pliche, villi, microvilli e cripte che sono posizionati sulla parete del tubo digerente.
    Il mantenimento di questo ordine microbatterico è fondamentale per il buon funzionamento dell'intestino, la salute complessiva dell'organismo umano e la completa maturazione del sistema immunitario.
    Numerosi fattori possono influenzare la microflora: l'età, la dieta, le infezioni, l'uso di preparati microbiologici e l'uso di farmaci che possono determinare un rallentato assorbimento di carboidrati e fibre.